痛覺(jué)殘留：經(jīng)歷了和職業(yè)炸彈狂魔倉(cāng)密目琉夏的慘烈對(duì)決后，傷痕累累的兩儀式（坂本真綾 配音）待在家中靜養(yǎng)。適逢黑桐干也（鈴村健一 配音）需外出公干，他自顧自將一只黑貓托付給兩儀照看。兩儀與黑貓的關(guān)系巧巧起了變化；俯瞰風(fēng)景：禮園女子學(xué)院八名女孩自殺，宮月理理?xiàng)ǚN田梨沙 配音）憑吊自殺的好友安藤由子，后悔自己沒(méi)有和她一同赴死。就在此時(shí)，業(yè)已失明的淺上藤乃（能登麻美子 配音）出現(xiàn)在宮月面前；新年參拜：1998年即將過(guò)去，干也和兩儀并肩走在去神社參拜的路上。寒冷的冬夜，兩顆孤獨(dú)之心不知不覺(jué)越來(lái)越近。
　　本片根據(jù)武內(nèi)崇創(chuàng)作繪制的三個(gè)短篇漫畫(huà)改編。

　　1999年2月，殺人鬼回來(lái)了！
　　1995年在日本發(fā)生的連續(xù)獵奇殺人事件，因嫌疑人遇到車禍住院而草草結(jié)案。如今瘋狂的犯罪再次出現(xiàn)，恐怖的氣氛來(lái)襲，原嫌疑人的嫌疑被洗清，到底誰(shuí)才是這一系列事件的兇手？
　　解決都市不可思議事件的伽藍(lán)堂的成員開(kāi)始展開(kāi)調(diào)查，兩儀式準(zhǔn)備以自己的匕首結(jié)束這一切。但決戰(zhàn)之前，黑桐干也發(fā)現(xiàn)犯人居然是自己舊日所識(shí)！
　　在友情與正義相混淆的世界中，干也到底要如何抉擇？
　　日本同人小說(shuō)最高境界《空之境界》全七章動(dòng)畫(huà)化，本作為第七章電影版。

　　1999年1月，黑桐鮮花所就讀的高級(jí)女子中學(xué)——禮園出現(xiàn)了神秘的事件。一年四班的學(xué)生橘佳織在宿舍起火事件中身亡，隨后，一年四班全體同學(xué)的生活改變了。每天活在痛苦與煩惱中的她們，收到了不明來(lái)源的信件。不安的情緒在禮園全體學(xué)生間蔓延。為了解決事件，兩儀式假扮學(xué)生潛入禮園，與黑桐鮮花一同調(diào)查事件的原委。另一方面，黑桐干也在使用自己的方法追蹤事件的真相。而事件的背后，似乎還有那個(gè)男人，魔術(shù)師荒耶宗蓮的安排。
　　蒼崎橙子之徒黑桐鮮花，擁有“直死之魔眼”的兩儀式，魔術(shù)與戰(zhàn)斗的交叉，禮園的秘密在她們面前展開(kāi)。
　　日本同人小說(shuō)最高境界《空之境界》全七章動(dòng)畫(huà)化，本作為第六章電影版。

　　“荒耶，你在追求什么？”“真正的睿智。”“在哪里追求？”“只在自己的心里?！?br/>　　1998年11月，胭條巴遇到了兩儀式并被她吸引。胭條巴每晚都做噩夢(mèng)，自己犯下的罪行不斷重現(xiàn)。兩儀式為了調(diào)查事件的真相，前往胭條巴的寓所，卻不知道，他們不知不覺(jué)已經(jīng)進(jìn)了敵人的圈套——復(fù)雜的“矛盾螺旋”。
　　而在這一切的背后，是名為荒耶宗蓮的男子。他宿命的勁敵是魔術(shù)師蒼崎橙子，最強(qiáng)的人偶師。伽藍(lán)堂全體出動(dòng)，賭上性命的戰(zhàn)斗即將開(kāi)始。
　　日本同人小說(shuō)最高境界《空之境界》全七章動(dòng)畫(huà)化，本作為第五章電影版。

　　1998年06月，意外事故后昏睡兩年的兩儀式蘇醒了。
　　18年的記憶沒(méi)有了，兩儀織的人格也代替兩儀式死去了。只有名為“黑桐干也”的男子守護(hù)在自己的身邊。還有眼前奇怪的現(xiàn)象。兩儀式獲得了直視萬(wàn)物死之線的異形之力“直死之眼”。
　　黑桐干也的上司，蒼崎橙子，來(lái)到醫(yī)院接觸兩儀式，教導(dǎo)她“直死之眼”的使用方法。醫(yī)院突然遭到襲擊，式手握匕首，跨出了2年來(lái)，最堅(jiān)毅的一步。
　　日本同人小說(shuō)最高境界《空之境界》全七章動(dòng)畫(huà)化，本作為第四章電影版。

　　1998年7月，飲酒會(huì)歸來(lái)的下雨之夜，黑桐干也收留了一位無(wú)家可歸的少女。但不久，少女不辭而別，去向不明。
　　與此同時(shí)，發(fā)生了連續(xù)殺人事件。死者無(wú)一例外，都是由于身體被強(qiáng)大的力量過(guò)渡扭曲而死。伽藍(lán)堂開(kāi)始為此展開(kāi)調(diào)查。
　　一步步深入的調(diào)查，犯罪者居然是當(dāng)時(shí)不辭而別的少女淺上藤乃，而她的能力更是驚人的強(qiáng)大。兩儀式，擁有“直死之眼”的少女，再次提起匕首迎戰(zhàn)。
　　日本同人小說(shuō)最高境界《空之境界》全七章動(dòng)畫(huà)化，本作為第三章電影版。

　　1995年9月，16歲的兩儀式與黑桐干也相遇了。
　　男孩子氣的兩儀式穿著和服來(lái)到學(xué)校，特殊的她與任何人都沒(méi)有交集，除了黑桐干也。二人產(chǎn)生了某種關(guān)聯(lián)，并開(kāi)始了安穩(wěn)的校園生活。
　　同時(shí)，街上出現(xiàn)了連續(xù)獵奇殺人事件。由于警察朋友的關(guān)系，黑桐了解了一些內(nèi)幕，他感到這個(gè)事件與式的雙重人格有某種關(guān)系。
　　兩儀式與兩儀織，獵奇殺人事件的真相到底是什么？?jī)蓛x家的秘密在黑桐眼前逐漸展開(kāi)。
　　日本同人小說(shuō)最高境界《空之境界》全七章動(dòng)畫(huà)化，本作為第二章電影版。

　　1998年9月，圍繞巫條大廈發(fā)生了連續(xù)少女墜樓事件。媒體將其報(bào)道為無(wú)法解釋的自殺事件，而有一個(gè)人，看出了事件背后的某種關(guān)聯(lián)。
　　她是魔術(shù)師蒼崎橙子，伽藍(lán)堂事務(wù)所的所長(zhǎng)。解決都市不可思議事件的伽藍(lán)堂只有三位成員：蒼崎橙子、黑桐干也、兩儀式。擁有“直死之眼”的兩儀式受橙子所托，前往巫條大廈調(diào)查。等待她的是意想不到的敵人，而對(duì)抗敵人的武器，只有那把一直在式手中的匕首。而遠(yuǎn)在伽藍(lán)堂，黑桐似乎被巫條大廈的魔力控制，失去了知覺(jué)。
　　日本同人小說(shuō)最高境界《空之境界》全七章動(dòng)畫(huà)化，本作為第一章電影版。