At the beginning of the season Sylvia becomes pregnant with Andy's child. A baby boy, Theo, is born towards the end of the season. This is contrasted with the fate that awaits Sipowicz's older son, Andy Jr., who announces that he is to join the police force. Andy is finally bonding with his estranged son when he is gunned down, which leads the elder Sipowicz to fall off the wagon. Andy Jr's murderers are killed themselves by Simone in an act of self defense.
　　Bobby and Diane, whose relationship had been put on hold while she attended AA, resume their relationship only for Diane to begin drinking again when her abusive father beats her mother. Her father is eventually killed and her mother becomes the prime suspect.
　　James Martinez and new detective Adrienne Lesniak begin an affair but only after Lesniak tells Medavoy that she is gay, then that she is not; Martinez later breaks up with her due to her controlling and unpleasant behavior, and Lesniak eventually leaves the squad. Medavoy himself leaves his wife, recognizing that she is holding him back but it is too late to save his relationship with Donna who leaves to take up a job with Apple.

南隍縣東郊有一個偏僻的龍骨村,龍骨村里的安佛寺里有一尊魏晉時期的石佛,重達一點五噸,偉岸巍峨,栩栩如生,屬于國家一級保護文物.可是這天早晨,村民們發(fā)現(xiàn)保佑這方水土長達幾千年的石佛竟然在一夜之間不翼而飛了! 文物組的同志們在現(xiàn)場沒有發(fā)現(xiàn)犯罪嫌疑人的任何蛛絲馬跡,唯一的線索是這群犯罪分子竟然在偷盜大佛前,曾虔誠地給大佛供奉上香,保佑他們盜佛成功!這是一群什么樣的罪犯呢?文物組推斷可能是團伙作案,有大型交通工具,并且本地人作案的可能性比較大.圍繞這三個推斷,同志們開始了縝密而又漫長的摸排和偵查. 在偵查過程中,線索一個一個涌現(xiàn),又一個一個被排除.由于龍骨村地處偏遠,落后貧窮,村民有的愚昧,有的貪婪,還有的村民和走訪干警討價還價,要求民警先幫助他教育自己的女婿然后才肯提供線索,諸如此類令人苦笑不得的情況屢屢發(fā)生,造成調(diào)查取證工作變得異常艱難曲折. 經(jīng)過一段時...

　　任曉雪（趙琳 飾）從離開北京前就已經(jīng)打定了主意，上機前她就把手機里的SIM卡扔掉，隨著飛機到達溫哥華后更是氣定神閑地擺脫掉考察團導游陸大洪（姜武 飾）的視線，消失了。陸大洪這可慌了神，一不小心就把留學生楊夕（李小冉 飾）給撞倒了，把楊夕送進醫(yī)院后因為著急回酒店便匆匆留下名片走了。楊夕打電話讓同學羅毅（陳坤 飾）過來探望自己。羅毅剛從中國過來，正在找房子。北京這邊已經(jīng)有人出發(fā)專程發(fā)到溫哥華尋找曉雪的下落。而羅毅剛搬進新居就赫然發(fā)現(xiàn)對面屋子的女人正是曉雪！
　　被找到的曉雪對羅毅、楊夕和陸大洪說了自己的經(jīng)歷，為了保護曉雪不再受到傷害，他們紛紛隱瞞了曉雪的消息。楊夕和大洪日久生情，但大洪的妻子即將要從國內(nèi)過來，他們的感情面臨關(guān)卡，楊夕十分痛苦。那邊已經(jīng)被曉雪深深吸引的羅毅也正備受折磨，他愛著曉雪的溫柔與神秘，卻又被這層神秘所折磨，他渴望曉雪能對他交出真心，但曉雪總是似有若無地有層隔膜。羅毅的父親因為貪污而被捕，一下子所有的事情都堆積到羅毅頭上，他的承受能力快到極限了……

　　鄉(xiāng)村的小路上，因為工作狂和嚴要求而被同事“推舉”出報社成為后石溝村第一書記的孫光明正在赴任的路上，進村的第一件事就是與另一輛車相撞。而肇事者正是同樣剛剛來到后石溝村準備擔任的后石溝村代言人徐唯一。
　　與此同時，西海市首富之子張子灝剛剛投資的“君子蘭”大酒店也正舉行著盛大的開業(yè)儀式，宴會之上，有二十余人竟然食物中毒，媒體隨即報道出“君子蘭”大酒店所有蔬菜供應(yīng)都是由后石溝村直接提供的，一時間輿論四起。
　　通過孫光明美食家的身份和徐唯一新媒體宣傳方面的不斷努力，后石溝村的蔬菜漸漸的回到正軌，開發(fā)了民宿旅游這一項目，并結(jié)合現(xiàn)在國家進行精準扶貧這一政策，借助農(nóng)村貸款這一優(yōu)勢，將村中的貧苦戶逐漸帶入正軌。
　　孫光明自己也悄然發(fā)生了轉(zhuǎn)變，從最開始的工作狂，美食家，變成了一名合格的第一書記。而他和可愛的村民們也在不斷的碰撞出新的火花……

　　在旅行的列車上，美雪（鈴木杏 飾）再次邂逅了金田一（松本潤 飾），并追隨于他。同伴用手中的DV記錄著發(fā)生的一切。某夜，一個木偶團長不幸被害。案發(fā)后，警探發(fā)現(xiàn)他原本在車廂里的尸體不翼而飛，于是引起了一陣騷亂。探長決定在一家酒店暫時住下，找尋犯罪嫌疑人，金田一等人也一同前往。后來，根據(jù)案情，嫌疑人被鎖定在木偶團體成員之中，探長想通過體重以縮小搜查范圍。但是，一個女成員的意外死亡，卻讓金田一發(fā)現(xiàn)了隱藏的秘密，并由此揭開了一樁塵封多年的舊案真相……
　　本片根據(jù)天樹征丸的漫畫改編，除上述特別版魔術(shù)列車殺人事件外，還包括以下6個事件，分別為幽靈客船殺人事件、法蘭西銀幣殺人事件、黑死蝶殺人事件、速水玲香誘拐殺人事件、魔術(shù)的森殺人事件和露西亞人形殺人事件。