日高夢見（相澤舞 配音）是一個平凡的少女，在她的內(nèi)心深處隱藏著一個不為人知的的秘密，在廣闊無垠的天空之中，夢見有時能夠看到不可思議的島嶼漂浮其中，然而，能夠看到此番景象的，似乎只有她一人。
　　某日，一位名叫穆恩特（小野大輔 配音）的紅發(fā)少年突然出現(xiàn)在了夢見的面前，原來，這個世界分為“天上界”和“地上界”兩個部分，而穆恩特就來自于天上界的魔導(dǎo)國。長久以來，一股奇妙的力量維系著兩個世界的平衡，維持著兩個世界的運轉(zhuǎn)，如今，這股力量漸漸枯竭，天上界因此而陷入了混亂，照這樣發(fā)展下去，遲早有一天，災(zāi)難會波及地上界，而夢見，就是拯救這一切的唯一人選。

　　八坂一（三瓶由布子 配音）是一位熱愛科學(xué)的平凡少年，他堅信世界上的一切都可以用科學(xué)解釋。然而，某一日，八坂一邂逅了名為嵐山小夜子（白石涼子 配音）的神秘少女，她的出現(xiàn)以及隨后而來的不思議事件顛覆了八坂一的全部世界觀。
　　兩人的相遇令他們獲得了穿越回過去的特殊能力，與此同時，女扮男裝的上賀茂潤（小見川千明 配音）、同樣擁有穿越時空的能力的德國少女可雅（名冢佳織 配音）、一直追隨著小夜子的墨鏡男村田英雄（安元洋貴 配音）、癡情而又倔強的山崎加奈子（堀江由衣 配音）以及身世神秘的少女伏見彌生（野中藍 配音），這些角色接二連三的出現(xiàn)在八坂一的身邊。

　　在私立莉莉安女子學(xué)院里，有著這樣一個制度，新入校的學(xué)生要選擇一位高年級的學(xué)姐，兩人結(jié)為“姐妹”，在校學(xué)習(xí)的期間，姐姐將全方位的照顧教導(dǎo)妹妹的生活禮儀。在學(xué)院里，山百合會的名字如雷貫耳，作為會長的小笠原祥子（伊藤美紀 配音）、鳥居江利子（生天目仁美 配音）和佐藤圣（封口惠美 配音）三人更是學(xué)院里女生們傾慕的對象。她們被稱為學(xué)院的三朵薔薇，平日里，她們和她們的妹妹，也就是薔薇花蕾管理著學(xué)生會里的大小事宜。
　　平凡的少女福澤佑巳（植田佳奈 配音）在誤打誤撞中成為了祥子的薔薇花蕾，同時也肩負起了管理山百合會的重任。在和其他花蕾相處的過程中，又溫馨又輕松的校園生活開始了。

　　從各個方面看來，就讀于白城學(xué)院高中部的綾瀨裕人（羽多野涉 配音）都是一個極其普通的男生。長相普通、成績普通、運動普通，甚至于對女孩子的品味也很普通。因此，當(dāng)同班同學(xué)兼校園偶像的超完美大小姐乃木板春香（能登麻美子 配音）出現(xiàn)在他的面前時，裕人并未被春香的魅力所折服，正相反，他覺得這個各方面都十分優(yōu)秀的女生總是有種說不出的怪異。
　　裕人的直覺十分敏銳，在一次偶然中，他發(fā)現(xiàn)了春香的秘密。原來，這個外表高貴的千金居然是一個不折不扣的御宅族，而春香和她那一撥古怪的朋友們的興趣，居然是制作魔法少女相關(guān)的同人作品！這個秘密迅速拉近了春香和裕人之間的距離，也開啟了屬于他們的浪漫情緣。