位于東京西部的巨大“學(xué)園都市”。在總?cè)丝谶_(dá)230萬人，其中約8成是學(xué)生的這座都市中，實施著超能力開發(fā)的特殊課程，學(xué)生們的能力被給予從“無能力Level 0”到“超能力Level 5”的六階段評價。高中生上條當(dāng)麻，也是住在學(xué)園都市的學(xué)生之一。他由于隱藏在右手中的力量——只要是異能之力，就連神的加護(hù)都能消除的“幻想殺手Imagine Breaker”，而被評價為名落孫山的“無能力”，過著充滿不幸的人生。而上條的學(xué)生生活，由于暑假開始時從天而降的純白修女而發(fā)生了巨大的變化。自從與逃離“魔法”世界的她——“禁書目錄茵蒂克絲”相遇開始，上條就被卷入了各種各樣的事件中。統(tǒng)率學(xué)園都市的“科學(xué)”方、與茵蒂克絲關(guān)聯(lián)的“魔法”方，在驚險地解決雙方事件的過程中，他的人際關(guān)系也逐步擴(kuò)展。之后，魔法一方的十字教最大宗派羅馬正教，終于注意到上條的存在……。如同呼應(yīng)魔法方一般，科學(xué)方的學(xué)園都市也有所動作。但也有與逐漸開始對立的世界動向抗?fàn)幍娜瞬粩喑霈F(xiàn)。那些通過與上條有所關(guān)聯(lián)，而使命運大為改變的“英雄”們。他們挺身而出與世界對峙。如同上條當(dāng)麻做過的那樣。科學(xué)與魔法第三次交織之時，故事將大幅推進(jìn)??！

　　結(jié)城梨斗（渡邊明乃 配音）盡管沉默寡言，但擁有一顆溫柔善良的內(nèi)心。內(nèi)向的他暗戀名叫西連寺春菜（矢作紗友里 配音）的女孩，然而，他選擇了把真摯的感情藏在心底，只是偷偷看著她已解相思之苦。
　　終于，梨斗再也無法抑制內(nèi)心的感情，他鼓起勇氣，決定向春菜告白，然而，一連串意外的發(fā)生讓他的告白對象變成了名為菈菈（戶松遙 配音）的女子，更加匪夷所思的是，菈菈的真實身份竟然是戴比路克星的外星公主。就這樣，梨斗開始了和菈菈“斗智斗勇”的生活，隨之而來的不僅僅是接踵而至的各路麻煩，竟然還有尾隨菈菈而來的危險外星殺手，面對這樣的險境，梨斗還能愉快的玩耍嗎？

　　夢幻般的月亮街，聚居著不愿長大、不愿上學(xué)、只想自由玩耍，卻沒有獨立生活能力的孩子們。太陽公公化身的水晶老人，滿足了他們各式各樣的愿望。并且把甜蜜家族的三個孩子和一個虎面人也送到月亮街，同長不大的孩子們一起建立起正常的生活，并戰(zhàn)勝了死亡城堡的鼠族大魔王，使孩子們提高了獨立生活能力和求知的興趣[3]。