在本季《超級飛俠12》中，超級飛俠依然會接收來自世界各地小朋友的電話，為小朋友定制他們需要的特別的東西，并將東西送到他們手上。當小朋友們遇到困難，樂迪會請求總部的幫助，超級飛俠將帶來擁有各種屬性的愿望能量球，和小朋友們一起搖身一變成為酷炫的愿望守護者，陪同小朋友一起解決問題。而上一季新登場的三位超級飛俠新成員：恐龍飛機超級飛俠大壯、速食卡車超級飛俠糯糯、高速火車超級飛俠咚咚，也會在這一季中展示他們的過人之處。而當困難升級，超級基地也會變成超級機器人，跟超級飛俠一起陪小朋友們度過難關。

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洛小熠、歐陽零、路子濤、玫等人懷抱著各自的愿望來到了俢爵島，參加了龍騎戰(zhàn)輪大賽。

時為公元2202年。自從宇宙戰(zhàn)艦大和號從那場單程長達16萬8000光年、通往伊斯坎達爾的壯大航海中回歸以來，已經(jīng)過了3年——。在“宇宙恢復系統(tǒng)”之下取回先前藍色樣貌的地球，與卡米拉斯帝國締結了和平條約。在復興的同時，為了防衛(wèi)而進行的包含最新銳戰(zhàn)艦安德洛墨達在內(nèi)的新銳艦隊的整備工作也在推進中。伊斯坎達爾的絲塔夏的愿望也化為烏有，地球開始邁向擴軍之道。這真的是在無可替代的多數(shù)犧牲之后，大和所達成的真正的和平嗎？期盼宇宙平穩(wěn)的女神特蕾莎的祈愿，將大和邀往新的航海。如今，席卷宇宙的加特蘭蒂斯的威脅，正在逼近地球——。